Jänisjoen vesistöalue (3861 km2, josta Suomen puolella 1988 km2) sijaitsee Pohjois-Karjalassa pääosin Joensuun, Ilomantsin ja Tohmajärven kuntien alueella. Vesistöalueen järvisyys on 10,1 %. Turvemaiden osuus alueen Suomen puoleisesta pinta-alasta on n. 24 %.
Vesistöalueen keskusjärvi on Venäjän puolella sijaitseva Jänisjärvi, josta alueen halki virtaava noin 95 km pitkä Jänisjoki laskee lopulta Laatokkaan. Suomen puolisella alueella vesiä pääasiassa kokoaa matala ja runsashumuksinen Loitimo.
Osa-alueet
Jänisjoki virtaa yläosiltaan Sonkajärven valuma-alueella, josta jatkaa Haarajoen alueelle ja laskee Loitimoon. Tuupovaaran itäpuolelta Loitimo kokoaa Eimisjärven valuma-alueen vedet. Loitimon alueen vesiin kuuluvat itse järven lisäksi mm. Öllölänjärven suunnalta Vekarusjoen kautta virtaavat vedet. Öllölänjärven yläpuolella sijaitsee Korpijärven valuma-alue, josta valtaosa on Venäjän puolella.
Viesimonjoen valuma-alue laskee vetensä Jänisjoen alaosaan luoteesta Kiihtelysvaaran suunnalta. Tätä etelämpänä Tohmajärven puolella jokeen laskee luoteesta myös Suonpäänjoen valuma-alue. Suomen puoleisen alueen eteläosassa sijaitsevan Ryösiönjoen valuma-alueesta noin puolet sijaitsee Venäjällä. Myös Jänisjoen alueesta, johon kuuluu mm. Jänisjärvi, valtaosa on pinta-alaltaan Venäjän puolella.
Jänisjoen vesistöalue sijaitsee Suomen puolella seuraavien kuntien alueella:
- Ilomantsi
- Joensuu
- Tohmajärvi
- Kontiolahti
Noin 49 % valuma-alueen pinta-alasta sijaitsee Venäjän puolella.
Ruskeakosken vesivoimalaitos on ylin Jänisjoessa Suomen puolella sijaitsevista neljästä voimalaitoksesta.
Ekologinen tila ja vedenlaatu
Suomen puolella Jänisjoen vesistöalueen pintavedet ovat pääosin hyvässä ja osin myös erinomaisessa ekologisessa tilassa. Tyydyttävässä tilassa olevaa Koskutjokea kuormittaa turvetuotanto. Melakko-Loitimo ja Jänisjoen alaosa ovat voimakkaasti vesivoimatuotannon muuttamia. Myös rehevä lintujärvi Sääperi on hydro-morfologialtaan ihmisen voimakkaasti muuttama.