Pohjois-Karjalan kirkasvetisimpiin järviin kuuluvaa Kuorinkaa uhkaa vesirutto. Pahamaineinen vesistöjen vieraslaji kanadanvesirutto valtaa alaa Savo-Karjalan vesistöissä. Kuoringan herkässä ekosysteemissä vesiruton poistamista kokeiltiin laitesukeltamalla.
Siilinjärven valuma-alueella sijaitsevien vesistöjen saattaminen hyvään ekologiseen tilaan edellyttää vesistökunnostusten ohella kattavia toimenpiteitä valuma-alueilla. Valuma-aluelähtöisen hoitosuunnitelman laatiminen on yhteistyötä erilaisten toimijoiden välillä.
Savo-Karjalassa testataan kelluvien kosteikkojen soveltuvuutta rehevöityneiden vesistöjen kunnostamisessa. Savo-Karjalan Vesiensuojeluyhdistyksen koordinoimassa hankkeessa rakennetaan 2000 neliömetriä kelluvia kosteikkoja vuosina 2025–2026.
Kallavesimalli – parempaa ja tehokkaampaa vesistöjen ympäristövaikutusten arviointia -hanke tuottaa työkaluja vesistöön vaikuttavien toimenpiteiden ja ilmastonmuutoksen vaikutusten arvioimiseksi.